蔡元培加盟暗杀界是因为受了刺激。1903年章太炎、邹容和他在《苏报》上发表时政评论，清政府心眼小，把前两个装进笼子收容了。侥幸逃脱的蔡元培很生气：“自三十六岁以后，我已决意参加革命工作。觉得革命只有两途：一是暴动，一是暗杀。”之所以选择暗杀，是因为暴动准备和实施工作庞杂，暗杀则操作简单，立竿见影；另外，他和章太炎、邹容三人总斗地主，做“炸弹”轻车熟路。

当年的暗杀组织里，最出名的是东京留日学生军国民教育会旗下的“暗杀团”。蔡元培积极靠拢，很快成为暗杀团上海站负责人，承担组织接待工作。暗杀团成员从日本到上海均由他接站，“团友们，戴好小红帽，跟着我的小旗！”是他最初的工作和贯口。做地陪当然不能让他满足，于是他以暗杀团为基础成立了光复会，自任会长。新派革命人物行事却很老派，加盟光复会得“写一纸黄帝神位的横幅，供在上方，杀鸡取血，滴于酒中，跪而宣誓，并饮鸡血酒”。

光复会第一次暗杀便首战告捷——虽然对象是只鸡。第二个暗杀对象是猫。蔡杀手认为暗杀工具最好易于隐蔽，携带方便，因此选择了毒药。作为清朝翰林的文科生，他对于毒的认识局限于砒霜、蝎子针、鹤顶红之类。此类药物毒性不大，药效甚至不如苏丹红、三鹿奶粉或雾霾。要制造“十步杀一人，千里不留行”的猛药必须借鉴外国先进技术，于是他将钟宪畅、俞子夷这两位化学教师吸收入团。俞子夷说：“我配制氰酸，一试即成。”配好后蔡元培抓来一只猫，只灌了几滴，号称九条命的猫就被毒死了。蔡元培很兴奋，将这款毒药命名为curious，意喻“好奇害死猫”。

为加强药性，他又“以暗杀于女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子”。理由是：最毒不过妇人心。后期更推出了2.0固体粉末毒药。为力臻完美，他开始开发配套设施。他发现光复会的陶成章翻译过跟西方催眠术有关的东西，非常感兴趣，认为“此术亦可用作暗杀工具”。不料陶成章说，想催眠，直接让人看你的著作即可，我看你写的书，就睡得呼呼的。

自信满满的蔡元培后来才醒悟，毒药并不是革命所需要的。革命党暗杀清朝政要不是为了消减政府执行力，他们也清楚根本杀不完；主要目的是制造社会舆论的震动，转移注意力，配合预期的武装起义。惠州起义，孙中山派史坚如刺杀两广总督；潮惠起义，刘思复刺杀广东水师提督李淮；安庆起义，徐锡麟刺杀安徽巡抚恩铭。两种手段相辅相成，齐头并进。所以，暗杀行动必须轰轰烈烈，不能“事了拂衣去，深藏功与名”。口服型刺杀过于安静，于是他回归斗地主，研究起了炸弹。

他依旧借鉴和学习外国的先进技术，“乃集同志六人，学制造炸药法于某日人，立互相监察之例，甚严”。研发小组废寝忘食，日夜攻关，组员除了革命党，还有后来成为共产党总书记的陈独秀。陈在《蔡孑民先生逝世后感言》中说：“我初次和蔡先生共事，是在清朝光绪末年，那时杨毓麟、何海樵、章士钊等，在上海发起一个学习炸药以图暗杀的组织，章士钊写信招我，我由安徽一到上海便加入了这个组织，住上海月余，天天从杨笃生、钟宪鬯实验炸药。”经过无数次试验，蔡元培脑袋差点被崩掉险些“祭元培”后，终于制出了炸弹。他开始推广给团友，“乃教授制炸药法，若干日而毕”。从此“嘭嘭”声不绝于耳，引得街道小孩骂声也不绝于耳，带着苞米粒子兴奋出门，却找不到蹦爆米花老头。

炸弹质量如何？资料上没有明确记载，但从1905年9月吴樾刺杀出洋五大臣一事，可以侧面作出评定：炸弹是不合格的。据当年报纸报道，五大臣乘坐的车厢和机车挂钩时，车身发生了震动，导致炸弹提前爆炸。“吴樾一弹，未殒一人。”这颗炸弹是杨笃生制造的，杨笃生是光复会暗杀团的骨干成员，作为领导的蔡元培脸上也无光。自此，他告别暗杀界转投教育界。不过，蔡家炸弹百年之后倒是扬眉吐气了一次。其同宗蔡国强2008年成功引爆奥运大脚丫……当然，这是后话。